包括原位合成、預(yù)合成后點(diǎn)樣、接觸式點(diǎn)樣和非接觸式點(diǎn)樣四種方式。

原位合成：適用于寡核苷酸，通過光引導(dǎo)蝕刻技術(shù)。已有P53、P450，BRCAI/BRCA2 等基因突變的基因芯片。

預(yù)合成后點(diǎn)樣：是將提取或合成好的多肽、蛋白、寡核苷酸、cDNA、基因組DAN等通過特定的高速點(diǎn)樣機(jī)器人直接點(diǎn)在芯片上。該技術(shù)優(yōu)點(diǎn)在于相對簡易低廉，被國內(nèi)外廣泛使用。

接觸式點(diǎn)樣：是指打印針從多孔板取出樣品后直接打印在芯片上。打印時針頭與芯片接觸。優(yōu)點(diǎn)是探針密度高，通常一平方厘米可打印2500個探針。缺點(diǎn)是定量準(zhǔn)確性及重現(xiàn)性不太好。

非接觸式點(diǎn)樣：針頭與芯片保持一定距離。優(yōu)點(diǎn)是定量準(zhǔn)確重現(xiàn)性好，缺點(diǎn)是噴印的斑點(diǎn)大，密度低。通常一平方厘米只有400點(diǎn)。但是日本佳能公司能把噴印點(diǎn)直徑大小由150-100μm降到30-25μm。可將哺乳動物整個基因組DNA點(diǎn)陣于一張芯片上成為可能。