芯片雜交是DNA芯片技術(shù)中除DNA方陣構(gòu)建外最重要的一步。雜交時選擇的條件要使成千上萬對的雜交反應中的最大多數(shù)處于最佳狀態(tài)中，也就是說要使得盡可能多的正確配對物都不遺漏(假陰性盡可能少)，有錯配的雜交降低至最低(假陽性盡量少)，這是非常難以達到的境界。

　　 目前雜交是提高芯片在實際應用中的準確性的關(guān)鍵步驟之一。雜交條件的構(gòu)建要根據(jù)芯片的實際情況進行最優(yōu)化。

　 　雜交反應是一個復雜的過程，受很多因素的影響，而雜交反應的質(zhì)量和效率直接關(guān)系到檢測結(jié)果的準確性。這些影響因素包括：(1)寡核苷酸探針密度的影響。 低覆蓋率使雜交信號減弱，而過高的覆蓋率會造成相鄰探針之間的雜交干擾。(2)支持介質(zhì)與雜交序列間的間隔序列長度的影響。研究表明當間隔序列長度提高到 15個寡核苷酸時雜交信號顯著增強。有研究表明，選擇合適長度的間隔序列，可使雜交信號增強150倍。(3)雜交序列長度的影響。在雜交反應中經(jīng)常發(fā)生堿 基錯配現(xiàn)象，區(qū)分正常配對的互補復合物與單個或2個堿基的錯配形成的復合物，主要依賴于形成的復合物的穩(wěn)定性不同，而雜交序列的長度是影響復合物穩(wěn)定性的 一個重要因素，一般說來，短的雜交序列更容易區(qū)分堿基的錯配，但復合物的穩(wěn)定性要差一些;而長雜交序列形成的復合物穩(wěn)定，而區(qū)分堿基錯配能力要差一些。研 究表明，12、15、20個堿基產(chǎn)生的雜交信號強度接近，但15個堿基的雜交序列區(qū)分錯配堿基效果最好。(4)GC含量的影響。GC含量不同的序列其復合 物的穩(wěn)定性也不同。(5)探針濃度的影響。以凝膠為支持介質(zhì)的芯片，提高了寡核苷酸的濃度，在膠內(nèi)進行的雜交更象在液相中進行的雜交反應，這些因素提高了 對錯配堿基的分辨率，同時也提高了芯片檢測的靈敏度。(6)核酸二級結(jié)構(gòu)的影響。在使用凝膠作為支持介質(zhì)時，單鏈核酸越長，則樣品進入凝膠單元的時間越 長，也就越容易形成鏈內(nèi)二級結(jié)構(gòu)從而影響其與芯片上探針的雜交，因而樣品制備過程中，對核酸的片段化處理，不僅可提高雜交信號的強度，還可提高雜交速度。